DMR 4G byl upraven pomocí SW GRASS GIS za pomocí funkce r.fill.dir a r.hydrodem. Identifikované deprese, které měly velikost 3 pixely a méně byly odstraněny automatizovaně nástrojem r.hydrodem. Deprese větší než 3 pixely byly manuálně vyhodnoceny s cílem určit, zda mají být v modelu ponechány nebo mají být odstraněny. Vyhodnocení proběhlo vizuálně nad dostupnými podklady (ortofoto, vrstevnice). Předmětem hodnocení byly pouze deprese na ploše LPIS, jejich projevy a stav jejich okolí. Celkem bylo vyhodnoceno 3026 depresí z kterých 307 bylo označeno k zachování. Ostatní byly z DMR odstraněny.